FAT32, y el menos usado FAT, se usan en versiones anteriores de sistemas operativos de Windows, incluyendo Windows 95, Windows 98 y Windows Millennium Edition. FAT32 no tiene la seguridad que NTFS proporciona, por lo que si tiene una partición FAT32 o volumen en el equipo, cualquier usuario que tenga acceso al equipo puede leer el archivo incluido. FAT32 también tiene limitaciones de tamaño. No puede crear una partición FAT32 mayor que 32GB en esta versión de Windows y no puede almacenan un archivo mayor que 4GB en una partición FAT32.
La razón principal de utilizar FAT32 es que tiene un equipo que a veces ejecutará Windows 95, Windows 98 o Windows Millennium Edition y en otras ocasiones ejecutará esta versión de Windows, conocida como configuración de arranque múltiple. Si éste es el caso, tendrá que instalar el sistema operativo anterior en una partición FAT32 o FAT y asegurarse de que es una partición primaria (una que puede alojar un sistema operativo). Las particiones adicionales a las que tendrá acceso cuando use estas versiones anteriores de Windows también estarán formateadas con FAT32. Estas versiones anteriores de Windows pueden tener acceso a volúmenes o particiones NTFS en una red pero no en el equipo.